随后的2002年，市委、市政府作出了实施西溪湿地综合保护的决策，杭州市第九次党代会把实施西溪湿地综合保护工程列入了“十大工程”之一。然而，接下来的一年多时间里，西溪湿地依然寂静。市四套班子、专家学者的一系列调研、论证，在屏气凝神中开展起来。
    
    在经历了整整一年等待后，经专家学者充分论证的《西溪湿地保护总体规划》等20余项规划设计方案摆上了决策者的案头。根据专家意见，省委常委、市委书记王国平提出了实施西溪湿地综合保护工程的“六大原则”——生态优先、最小干预、修旧如旧、注重文化、可持续发展、以人为本。
    
    牢牢地抓住改善湿地水质、修复湿地功能这一根本立足点，保护并修复西溪湿地的生态系统，保护和培育特有的网格状河网、水乡河泽资源，保护和培育柿树、樟树、柳树、笋竹、芦苇等构成的水生、陆生植物资源和鸟类、鱼类等野生动物资源，保护和修复清雅秀美的自然景观、多姿多彩的人文景观，成为西溪湿地综合保护工程执著的追求。
    
    经过充足的论证和准备，2003年8月，西溪湿地综合保护一期工程正式启动，续写了宋高宗赵构的一句“西溪且留下”。
    
    柳树桩的朴素“生态学”
    
    2月18日，堤塘边出现了连续排列的柳树桩。
    
    与记者同行的综合保护工程总指挥黄春雷看出了记者的疑惑，“原来准备用松木桩护堤，因为松木在水里不会腐烂。但是，蒋村的不少村民提出，松木没有生命力，永远是死桩，不能生根、发芽。而柳树桩是活桩，经过一段时间后会生根、发芽。”
    
    柳树根盘根错节会死死地“抱”住堤岸，发出的柳?又有益于改善生态——村民的这种朴素“生态学”被用在了综合保护工程中。驳坎大量采用柳树桩来进行生态护坎，巩固堤岸。 
     
    对于保护和恢复西溪历史上最佳的湿地生态，工程实施者小心翼翼。
    
    污水直排西溪的方式被彻底淘汰，管网被配置到湿地的每个角落。在一期工程3.46平方公里中，虾龙滩、朝天暮漾、费家塘等3个原生态保护区以及生态恢复区占了94%。只是将部分封闭的小面积水体连通,利于物种在较大环境里自由交流,吸引水鸟栖息，并将鱼塘壁的坡度由陡坡改为缓坡,有利于湿生植物生长,为过往鸟类提供更丰富的食物。保留和恢复作为次生湿地标志的鱼塘就多达383个，2802棵柿子树一棵不少地保留了下来。
    
    建筑面积的急剧下降，腾出了大片空地。农居拆迁后留下的裸露地表，采用苦楝、枫杨、大叶柳、竹等乡土树种进行植被修复。补种的250余亩芦苇，不仅是景致的恢复，也是对水体的净化。除了现有的大块湿地、林地和草地等自然场所外，还在农田、养殖场等附近的树木、院落等地设置人工鸟巢，吸引更多鸟类栖息。
    
    西溪湿地的生态系统无疑是在与人类渔耕、农耕文化的交合演替中传递着湿地的“DNA”。文化生态的修复，与自然生态同步推进。散落在民间的厉鹗祠堂碑刻等许多“宝贝”被发现，水车、纺车、稻桶等农耕用具以及梳妆台、菜橱等原住民生活用品900余件被小心地收集起来……“越剧首演地、民俗浓缩地、文人逍遥地、词人神圣地”的西溪湿地作为“文化富矿”的角色也日益凸显。
    
    村民的“居民生活”